Местность, на которой расположено "Северное Тушино", издавна была заселена людьми. Археологи нередко находят на территории района предметы, относящиеся к палеолиту - древнему каменному веку - топоры и ручные рубила из камня. С IX-X века сюда в этой местности поселяются славяне-вятичи. Наряду с сельским хозяйством они занимались торговлей. Этому способствовало исключительно выгодное положение местности, расположенной на пересечении торговых путей. С XV века возникает сначала небольшое селение Тушино, население которого занималось сельским хозяйством, а с петровских времен частично работало на мануфактурах, построенных на речке Сходне и работавших от мельничных колес.
На месте нынешнего Северного Тушино существовали села Петрово, Алешкино. Население этой местности было типично для Подмосковья.
В 1672 г. владелец этих земель Хитрово построил в своем имении каменную церковь Покрова с приделом Алексея-человека божия и шатровой колокольней. Она поражала богатством своего декора. Иконы для резного иконостаса были написаны лучшими художниками Оружейной палаты. Здание церкви сохранилось до настоящего времени, но находится в аварийном состоянии. Сейчас оно передано прихожанам и в части храма идут службы, но большая часть здания не используется, и у церкви нет средств для восстановления храма, в котором долгое время находился цех химического предприятия.
В конце XVII века имение перешло в руки родственников царицы - матери Петра I Натальи Кирилловны Нарышкиной. В следующем столетии Семен Кириллович Нарышкин продал имение графам Строгановым.
Важным событием в истории Северного Тушина стало строительство канала Москва-Волга и создание Химкинского водохранилища. Первые строители пришли сюда в 1932 году. Силами заключенных-каналоармейцев строилась дамба будущего водохранилища. Канал был пущен в строй 1937 году.
В 30-е годы на территории Северного Тушина появился другой важный объект Центральный аэродром полярной авиации Севморпути "Захарково". Отсюда отправлялись экспедиции полярников на дрейфующие станции, вылетали самолеты для ведения ледовой разведки, для спасения попавших в беду полярников. Здесь, в Северном Тушине, разместились и другие объекты Севморпути. В 1970 году обширное пространство аэродрома было застроено жилыми кварталами.
После войны на территории нынешнего муниципального района "Северное Тушино" было построено несколько больниц общемосковского и общесоюзного значения, в частности знаменитая Детская больница ╧ 7. Тихая окраина Москвы, украшенная старинным парком и живописным берегом канала оказалась подходящим местом для медицинских учреждений.